Obsah
Proteiny jsou tvořeny polymerními nebo aminokyselinovými řetězci. Aminokyselinová sekvence (spolu s jakýmikoliv modifikacemi) určuje, jakou strukturu proteinu přijme. Proteiny mají čtyři úrovně struktury: primární, sekundární, terciární a kvartérní. Primární struktura je pouze aminokyselinová sekvence, zatímco sekundární struktura se týká 3-D struktury přijaté segmenty aminokyselinového řetězce.
Alfa šroubovice
Alfa helix je velmi běžný typ sekundární struktury, ve které se řetězec aminokyselin zkroutí, aby vytvořil jemnou cívku. Atom dusíku vazby vazby v každé aminokyselině má na sobě navázaný vodík, takže může tvořit typ interakce nazývaný vodíková vazba s atomem kyslíku karbonylové skupiny každé vazby. Vodíkové vazby drží vrtuli pohromadě a pomáhají udržovat její tvar.
Boční řetězy
Všechny aminokyselinové postranní řetězce alfa helixu směřují ven, což tvoří kompletní smyčku každých 3,6 aminokyselin. Vrtule je zkroucená ve směru hodinových ručiček, takže je někdy označována jako "pravá". Protein může obsahovat několik alfa helixů a některé proteiny jako keratin (protein nalezený ve vlasech a nehtech) mají tento typ struktury po většinu své délky.
Beta listy
Blistr je také držen pohromadě vodíkovými vazbami, ale v tomto případě jsou dvě oblasti polypeptidu umístěny vedle sebe a vodíkové vazby je drží společně ve formě skládaného listu papíru. Spárované vodiče se mohou buď otáčet v opačných směrech, v takovém případě jsou antiparalelní, nebo mohou být paralelní, přičemž oba prameny mají stejný směr. Antiparalelní uspořádání je běžnější. Aminokyselinové postranní řetězce alternativně směřují nahoru a dolů, kolmo k rovině listu.
Úvahy
Polypeptidy mohou obsahovat několik beta listů a části alfa helixu jako části jejich celkové struktury 3-D nebo terciární struktury. Jediný polypeptid může být protein samotný nebo několik se může vázat za vzniku proteinu. Pokud se jedná o více polypeptidů, jejich prostorové uspořádání se nazývá kvartérní struktura. Sekundární struktura se týká specificky vlastností alfa helixu a beta listu. Jako terciární a kvartérní struktury se může sekundární struktura narušit nebo denaturovat použitím vysokých teplot a / nebo významných změn pH.